Les projets sont les éléments de base du classement dans le coffre, ils peuvent être structurés avec des dossiers comme sous Windows ©. Ainsi on peut conserver le même système de rangement des documents qu’auparavant avec un simple serveur de fichiers.
Le système PDM étant architecturé autour d’une base de données (DB), les documents TopSolid peuvent être déplacés dans des dossiers ou sous-dossiers sans impacter un assemblage ou une mise en plan où ils seraient utilisés. La DB stocke diverses informations sur chaque document notamment les liens de dépendance entre objets.